Durante los primeros meses de vida los niños nacidos con PKU aparentan estar sanos, pero si no reciben tratamiento alguno entre los 3 y 6 meses de edad, comienzan a perder interés en su entorno, se pueden volver irritables, inquietos, presentar temblores, erupciones cutáneas y en ocasiones puede apreciarse cabello, piel y ojos más claros en relación a su familia.

Si la enfermedad evoluciona sin tratamiento, los niños pueden presentar convulsiones y un olor a “moho” en orina, piel y aliento, e inevitablemente retraso mental.